T-Zellen besitzen antigenspezifische Rezeptoren auf ihrer Zelloberfläche. Diese Rezeptoren dienen dazu, Antigene zu erkennen und zu binden. Dadurch wird die T-Zelle aktiviert ihre immunologische Funktion zu erfüllen. Die TH Zellen stimuliert die B-Zelle zur Antikörperproduktion, die Tc-Zelle sticht körperfremde oder veränderte (mutierte) Körperzellen ab, oder zwingt sie sich selbst umzubringen (Apoptose).

Man hat nun festgestellt, dass die T-Zelle "ihr" einziges Antigen nur erkennen kann, wenn es an ein MHC-Produkt gebunden ist. Ohne die Bindung an ein solches Oberflächeneiweiss gibt es keine Antikörper. Man nennt dies die MHC-Restriktion des T-Lymphozyten. Die T-Helferzellen, die mit einer antigen-präsentierenden Zelle und mit einer B-Zelle zusammentrifft um die Antikörperproduktion zu aktivieren, braucht dazu ein MHC-Produkt der Klasse II (beim Menschen HLA DP, DQ, DR). Die zytotoxische T-Zelle braucht ein MHC-Produkt der Klasse 1 (beim Menschen HLA A, B und C).

Alle kernhaltigen Zellen des Körpers exprimieren MHC Klasse 1 Antigene, allerdings in sehr unterschiedlichen Mengen. Die MHC-Restriktion führt daher zu starken Abstossungsreaktionen vom Empfänger gegen jedes Spenderorgan, wenn auch nur ein MHC Klasse 1 Antigen nicht identisch und also ein Alloantigen ist. Aus diesem Grund nennt man die HLA I Antigene auch Transplantationsantigene. 

Die HLA Klasse II Antigene werden dagegen nicht von allen Körperzellen exprimiert, sondern insbesondere von Zellen der Immunabwehr: Makrophagen / Monozyten und die B-Lymphozyten.

Sowohl Klasse I als auch Klasse II HLA Antigene dienen physiologischerweise dazu, dass Antigene von T-Helferzellen erkannt werden können. Eine T-Helferzelle kann ein freies Antigen nicht erkennen, nur auf dem "Serviertablett" der HLA-Proteine ist dies möglich. Die Antigene, welche von HLA I Molekülen präsentiert werden sind vorher immer intrazellulär vorhanden, die fremden Antigene müssen sogar in der Zelle selbst hergestellt worden sein und werden dann erst auf der Zelle präsentiert. Normalerweise werden körpereigene Produkte auf diesen HLA-"Serviertabletts" präsentiert, nämlich Teile derjenigen Proteine, die gerade hergestellt werden. Dies ist ein normaler Vorgang, und das Immunsystem reagiert auch nicht auf diese körpereigenen Produkte.

Wenn die Zelle aber 

• durch ein Virus infiziert ist, oder

• intrazelluläre Bakterien enthält, oder

• maligne transformiert ist

werden fremde Antigene präsentiert und die kranke Zelle wird durch zytotoxische T-Zellen eliminiert.